| No | Nama Ketua Umum | Masa Jabatan |
|---|
| 1. | K.H. Ahmad Dahlan | 1912–1923 |
| 2. | K.H. Ibrahim | 1923–1932 |
| 3. | K.H. Hisyam | 1934–1936 |
| 4. | K.H. Mas Mansur | 1937–1942 |
| 5. | Ki Bagoes Hadikoesoemo | 1944–1953 |
| 6. | Mr. A.R. Sutan Mansur | 1953–1959 |
| 7. | K.H. M. Yunus Anis | 1959–1962 |
| 8. | K.H. Ahmad Badawi | 1962–1968 |
| 9. | K.H. Faqih Usman | 1968 (beberapa bulan) |
| 10. | K.H. Abdul Rozak Fachruddin (A.R. Fachruddin) | 1968–1990 |
| 11. | K.H. Ahmad Azhar Basyir, M.A. | 1990–1995 |
| 12. | Prof. Dr. H. Amien Rais | 1995–2000 |
| 13. | Prof. Dr. H. Ahmad Syafi’i Ma’arif | 2000–2005 |
| 14. | Prof. Dr. K.H. Din Syamsuddin, M.A. | 2005–2015 |
| 15. | Prof. Dr. H. Haedar Nashir, M.Si. | 2015–sekarang |
